Введение. Современный этап развития образования выдвигает на первый план индивидуальный подход к обучающимся, чему, безусловно, способствует организация их проектной и исследовательской деятельности. Актуальность научно-исследовательской деятельности очевидна, потому что имеет целью приобретение студентами функционального навыка исследования как универсального способа освоения действительности. Это повышает мотивацию к учебной деятельности и активизации личностной позиции учащегося в образовательном процессе, основой которых является не только приобретение субъективно новых, самостоятельно получаемых знаний, являющихся личностно значимыми для конкретного учащегося, но и осмысление ими каждого этапа работы, основанного на рефлексии. Теоретический анализ позволяет описать опыт системной рефлексии процесса организации научно-исследовательской работы магистрантов психолого-педагогического и педагогического направлений подготовки в СГУ при осмыслении ими собственных возможностей и ценности исследовательской деятельности как механизма проявления их активности. Представлено, как развивающий потенциал организации исследовательской работы магистрантов раскрывается в виде усиления их вовлеченности в участие и становление исследовательской позиции, лежащей в основе самоорганизации процесса исследования. Заключение. Рассмотрение проблемы организации в среде магистрантов системной рефлексии позволило выявить возросшую активность и результативность как в исследовательской деятельности, так и при защите ВКР.