В статье анализируются некоторые концептуальные модели современной науки, которые граничат с метафизикой, т. е. требуют при работе с ними оценки их онтологического и когнитивного статуса. Рассматриваются понятия «темной» или «черной» материи в св язи с так называемой проблемой «дефекта масс» и отрицательных величин в математике. Ставятся вопросы о характере и когнитивном значении понимания материи в рамках концептуальных научных моделей, что позволяет выявить когнитивные основания использования данных концептов и их связь с метафизикой. В результате авторы приходят к выводу о том, что система Вселенной имеет не одно направление развития. Движение сущего идет не по прямой, оно не одномерно, а описывается многомерностью. Поскольку это движение сущего объемно и разнонаправлено, то построить обоснованную теоретико-познавательную модель объектов с полностью противоположным направлением развития в сложных, многомерных системах с нелинейным развитием не представляется возможным. Изучаемые наукой феномены обладают единым онтологическим основанием, которое не только обеспечивает тесную взаимосвязь концептуального аппарата науки и философии, но и позволяет утверждать, что многочисленные концепты, не имеющие фундаментального когнитивного статуса в науке, могут и должны трактоваться в рамках метафизической концептуальности.